Beaucoup plus de changements ont été apportés à cette réédition.
Graphismes améliorés. Les graphismes 8-bit de l'original ont été complètement redessinés, amenant le jeu à l'ère 16-bit (entre Final Fantasy V et Final Fantasy VI). La palette de couleur a été élargie et les arrière-plans contiennent maintenant des images.
Ressemblances avec les nouveaux jeux. Les sprites des personnages (en particulier les classes améliorées comme le Paladin) ont été refaits pour ressembler plus aux jeux Final Fantasy du Super Famicom (ou la “trilogie Final Fantasy sur SNES”). Dans la version Famicom, les magasins et les auberges ne contenaient pas d'intérieur: quand un personnage entrait dans l'édifice, il était salué avec un menu d'achat. Dans la version WSC, cela a été changé pour plus ressembler à d'autres jeux de la série, où chaque édifice avait un intérieur, avec un comptoir de magasinage où le joueur peut accéder à l'écran de transaction. Similairement, l'écran de bataille a été refait, avec toute l'information textuelle transportée dans une fenêtre bleue qui s'étire vers le bas de l'écran ressemblant à Final Fantasy II jusqu'à Final Fantasy VII.
Cutscenes ajoutées. De courtes cutscenes, utilisant le moteur interne du jeu, ont été ajoutées pour ajouter à l'histoire du jeu d'une certaine façon. Une de ces cutscenes implique la construction du pont de Cornélia.
Texte supplémentaire. La version originale Famicom ne pouvait pas montrer plus d'une fenêtre de jeu durant une conversation, ce qui veut dire que toutes les conversations avec les personnages non-jouables étaient restreintes. La version WSC élimine cette limite.
Peaufinages supplémentaires du moteur. Dans la version originale du jeu, chaque attaque prédéterminée par le joueur portée sur un monstre qui se fait tuer avant que cette attaque ne soit effectuée se retrouve dans le vide. La version WSC a introduit une option dans laquelle une telle attaque serait reportée vers un autre monstre. Similairement, une option “course” fut introduite: en pressant un certain bouton pendant que le personnage marche le fait aller à deux fois sa vitesse normale. Chacune de ces options peut être mise en marche ou fermée à partir du menu de configuration.
Magies effaçables. Comme dans la version originale, chaque personnage doté du don de pouvoir utilisé la Magie a plusieurs niveaux de Magies. Chaque personnage n'a que trois entreposages à Magies par niveau, mais a le choix entre quatre Magies. Une fois ce choix fait dans la version originale, il n'y avait aucune méthode pour revenir en arrière. Dans la version WSC, cela a été changé pour qu'il soit possible d'effacer des Magies déjà apprises.
Plus de place pour sauvegarder. La cartouche originale sur Famicom ne pouvait sauvegarder qu'une partie à la fois, et chaque fois qu'une nouvelle sauvegarde était faite, l'ancienne était écrasée. La version WSC permettait huit espaces de sauvegarde. Il y a aussi une option de “sauvegarde rapide” permettant au joueur de sauvegarder son progrès n'importe quand (excepté durant une bataille). Cela quitte le jeu cependant, et aussitôt que la partie est reprise, une telle donnée s'efface.
Système d'objets changé. Dans la version originale, seulement les objets assignés à un personnage pouvaient être utilisés. Dans la version WSC, cela a été changé de sorte à ce que tous les personnages puissent accéder à tous leurs objets. Certains objets curatifs peuvent maintenant être utilisés durant une bataille, comme une Queue Phénix. L'état Silence n'empêche plus le joueur d'utiliser des objets.
Musiques ajoutées. En addition à remixer la bande sonore, le composeur Nobuo Uematsu a composé plusieurs nouvelles pistes, incluant un nouveau thème de « Boss Battle ».
Les boss ont plus de HP. Puisque plusieurs des changements rendent le jeu plus facile, le HP de certains monstres, et de presque tous les boss, ont été augmentés (doublés, dans certains cas) pour mieux balancer le gameplay.
« Auto-naming ». Durant la création d'un personnage, le joueur peut décider de laisser le jeu choisir aléatoirement un nom. Ces noms sont tous pris d'autres jeux dans la série et incluent Desh (Final Fantasy III), Giott (Final Fantasy IV), Kelga (Final Fantasy V) et Daryl (Final Fantasy VI), parmi d'autres.