Le soleil se lève sur le royaume Tycoon, du haut de son palais le roi se prépare à chevaucher son dragon. Sa fille, la princesse Lenna apparait alors, inquiète au sujet de la mission que son père veut mener. Son père tente de la rassurer, il se dirige vers le palais du vent car le vent semble faiblir. Au loin, un bateau pirate se profile à l'horizon. Son capitaine est surpris ! Le vent vient de s'arrêter !!!!
Alors que le roi de Tycoon arrive face au cristal du vent, ce dernier se brise violemment !

Au même moment, une météorite s'écrase non loin de deux de notre premiers héros, Bartz, accompagné de son fidèle chocobo, Boko. Ces deux derniers se précipitent en direction de la zone d'impact. Là, Bartz fait face à deux gobelins attaquant quelqu'un. Cette personne est une jeune fille du nom de Lenna. À peine l'a-t-elle remercié, qu'elle essaye de partir. Mais un appel à l'aide surprend soudainement nos deux héros. Gisant à coté de l'astéroide, un vielle homme apparement amnésique ne se rappelle que de son nom : Galuf. Lenna leur dit alors qu'elle se rend au temple du vent. Galuf se souvient aussitôt que c'est l'endroit vers lequel il se dirigeait également. Galuf et Lenna laisse alors Bartz qui décide de continuer à parcourir le monde.

Très peu de temps après, Bartz et Boko arrivent dans un canyon. Ils y découvrent Galuf et Lenna de nouveau attaqués par des gobelins et échappent in extremis à des éboulements de terrain. Les éboulements bloquent désormais la route vers Tule. Face à la détermination de ses compagnons, Bartz décide alors de les accompagner vers le temple du vent en essayant de trouver une autre voie. Leur aventure peut enfin commencer !!!

—A VENIR——A VENIR——A VENIR——A VENIR——A VENIR——A VENIR—

Alors qu'ils se rapprochaient du sommet du mont du nord, Lenna découvre le casque de son père et se fait aussitôt toucher par une flèche empoisonnée. Le sol s'éboule devant nos héros qui veulent lui porter secours. Magissa apparait en ricanant. Elle était venue capturer le dragon pour le marché noir mais finalement la princesse de Tycoon sera un trophée plus précieux. Faris se jette alors par dessus le précipice et échappe de peu de tomber. Elle tend une corde à ses amis qui la rejoigne alors. Ils font fuir magissa.
Ils arrivent ensuite au sommet et découvrent Hiryû, le dragon du roi de Tycoon, en piteux état. Lenna se précipite alors vers l'herbe aux dragons sans se soucier des plantes empoisonnées l'entourant, pour la donner au dragon. Usant de ses dernières forces, elle parvient à amener l'herbe à la bouche du mourrant. Le dragon, immédiatement rétabli, use alors se ses dons pour soulager la princesse. Avec l'aide du dragon, notre groupe va directement se diriger vers le temple de l'eau !

Avant d'atteindre le temple nos héros font une escale à Wolse. Là ils y rencontrent le roi de Wolse et lui demandent d'arrêter d'amplifier les pouvoirs du cristal du vent, pour que celui-ci ne se brise pas à son tour. Le roi, plus préoccupé pas la prospérité de son royaume et l'avis de ses sujets, refuse catégoriquement, prétextant que rien ne tend à prouver que le cristal de l'eau va à son tour se briser.
Cette conversation est soudainement interrompue par le crash d'un autre astéroïde, tout près du temple de l'eau. Le roi de Wolse se précipite vers le temple avec ses chevaliers. Nos héros suivent peu après.

Une fois arrivés au temple, ils découvrent la garde décimée à l'entrée de la tour. Un peu plus loin, le roi de wolse, blessé, les prévient qu'un Garula se dirige vers le cristal. Arrivé devant le cristal ils aperçoivent un étrange chevalier tentant de protéger le cristal. Le chevalier se fait terrasser mais nos héros mettent fin aux jours du monstre. Juste après le combat, le cristal se brise. Le chevalier succombe en appelant Galuf “Sire Galuf”, il semblait le connaitre.
Nos amis n'ont pas le temps de se remettre de leurs émotions que la tour commence à s'enfoncer entièrement dans les flots. Heureusement Syldra sort de nul part pour les sauver de la noyade et les ramener vers la plage. Mais Syldra était mal en point et a utilisé ses dernières forces pour les sauver. Syldra s'en va ensuite, mourante, vers le large.

De retour au château de Woltz, une nouvelle trouble tout le monde. Un soldat de Karnak, lointaine ville à l'ouest est apparu mystérieusement près de l'astéroïde et semble divaguer. Il aurait été téléporté vers Woltz ! Le roi prévient ensuite le groupe que Karnak utilise également le pouvoir d'un cristal, le cristal du feu. Nos amis n'ont pas de temps à perdre, ils utilisent le téléporteur de l'astéroïde pour se diriger vers Karnak.
Alors que nos héros arrivent à Karnak et tentent d'acheter quelques fournitures, ils sont accusés par la garde d'aider les monstres car ils sont sortis de la météorite. Ils se retrouvent alors dans la prison du palais de Karnak et y rencontrent Cid. Ce dernier a inventé les machines qui amplifient le pouvoir des cristaux. Il s'est fait jeté en prison car il essayait de sauver le cristal du feu, en arrêtant sa propre machine. Tout à coup un chancelier arrive et prévient Cid que le cristal du feu est fêlé. Cid pense que c'est le navire thermique que draine le plus le pouvoir du cristal. Cid demande alors l'aide de nos héros pour tout stopper dans le navire thermique. En ressortant de Karnak ils apprennent également qu'un loup-garou semble être sorti de l'astéroïde et menace les habitants.
Une fois arrivés face au cristal du feu qui alimente la machine thermique, la reine de Karnak attaque nos amis. Après un combat acharné, une ombre maléfique semble entourer la reine, elle était possédée ! Tout semble rentrer dans l'ordre, quand arrive le loup-garou. Mais ce dernier se révèle amical et voulait empêcher la destruction du cristal. Il semble même très bien connaître Galuf. Mais avant de pouvoir lui révéler son identité, un soldat de Karnak également possédé fait son apparition et pousse au maximum le système de drainage d'énergie du cristal. Le loup-garou tente dans un élan désespéré d'enrayer les mécanismes de la machine et somme nos héros de s'enfuir avant que le cristal ne brûle tout en explosant ! Nos amis s'enfuient, le cristal explose, entraînant de suite la destruction du château de Karnak. Il ne reste plus qu'un cristal à sauver ! La situation semble désespérée ! Le groupe se dirige alors vers la bibliothèque des anciens, dans l'espoir de trouver des réponses à leurs questions.
Malheureusement, à la bibliothèque rien ne va plus non plus. Son sous-sol est envahi par les monstres et Mid, le petit-fils de Cid semble avoir disparu. Après quelques combats et après avoir retrouvé Mid, ce dernier apprend à nos héros qu'il a découvert un livre qui permettrait de faire fonctionner le bateau thermique sans l'aide du cristal du feu. Mais Bartz lui apprend que Cid, suite à la destruction du cristal, a décidé de ne plus inventer quoi que ce soit. Mid, ne croyant pas Batrz, il s'enfuit en courant, outré de cette nouvelle.
Ils retrouvent Cid à Karnak. Mid ne tarde pas à arriver et à convaincre son ainé de modifier la machine thermique pour rejoindre le cristal de la terre. Alors que les travaux vont bon train, la relation Cid-Mid fait ressurgir certains souvenirs de Galuf, il se rappel de Krile, sa petite-fille. Puis tout à coup il avoue à nos amis qu'il vient d'un autre monde. Il s'est téléporté dans celui de nos héros grâce à la météorite. Il se souvient ensuite d'un être maléfique qu'il avait aidé à emprisonner dans ce monde il y a 30 ans. Ce dernier essaye de s'échapper, c'est un sorcier maléfique : Exdeath ! Il se souvient ensuite de lui et trois autres chevalier, enfermant Exdeath à un endroit inconnu, puis il s'évannouit, victime d'un atroce mal de tête. Le lendemain, les modifications du bateau sont achevée. Cid et Mid retournent à la biliothèque à la recherche d'indices et nos héros partent de leur côtéà la recherche du cristal de la terre.