Elle se passe 2 ans après la chute du Météore sur Midgard, les survivants se sont organisés et ont créé avec les débris de Midgard une nouvelle ville à côté de cette dernière. Dans cette ville vivent Cloud et Tifa qui s'occupent d'un orphelinat pour enfants. Parmi eux Denzel,un enfant qui a vu la mère de Reeve Tuesti, qui l'avait adopté, mourir par Holy, la materia de Aeris(a cause du virus que Jenova a répandu dans la rivière de la vie:le geostigma*)et Marlène,la fille adoptive de Barret qui l'a confiée a Tifa.Pendant que Cloud roule en moto sur les plaines de Midgard (depuis la chute du Météore il s'est mis a l'écart du monde) il est attaqué par un groupe de trois individus qui l'appellent “grand frère” et le blessent au front. Ce groupe est composée de Kadaj, Yazoo et Loz. Ils se dirigent vers Midgard et finissent par entrer dans la ville. Tifa est alors attaquée dans l'église du secteur 5 Midgard par Loz qui lui demande “Mère”. Ne sachant pas ou elle se trouve, Loz vainc Tifa, vole les materias de Cloud, et enlève Marlène pour l'emmener a forgoten capitale comme Kadaj et Yazoo qui y ont conduit le groupe d'orphelins de Tifa.

Là-bas, Kadaj répend du Mako* dans la lac où Aeris est morte et dit aux enfants de boire l'eau du lac. Ils sont alors sous le controle de Kadaj et quand Cloud arrive pour reprendre les enfants, Kadaj ordonne aux enfants de se mettre devant lui pour le protéger. Le trio attaque Cloud et alors qu'il allait mourir, Vincent arrive, protège Cloud et l'emmène plus loin dans la foret.

Le trio se rend alors à Midgard, sur la place du Météore et invoque des créatures qui sèment la pagaille. Puis Kadaj du haut d'un bâtiment invoque Bahamut (avec la matèria du même nom qu'il a volé a Cloud)pour impressionner Rufus shinra. C'est alors qu'arrive Barret,Cid,Yuffie,Vincent, RedXIII avec sur son dos Caith Sith, Tifa et Cloud qui combattent tous Bahamut.

Cloud arrive a le battre puis Rufus se lève et montre la fameuse boite contenant tout ce qui reste de Jénova et la laisse tomber. Kadaj fou de rage lui envoi une boule de feu et saute pour rattraper la boite tandis que Rufus esquive la boule, sors son pistolet et tire sur Kadaj.

Une des balles de Rufus touche la boite et la transperce, faisant couler un peu du liquide juste avant que Kadaj ne récupère la boite et voyant que Cloud fonce sur lui en moto, il monte sur la sienne tout comme Yazoo et Loz et se dirige vers l'autoroute. Il y a alors une course poursuite suivit du combat final dont je ne vous dirait rien par respect pour les gens qui ne l'ont pas encore vu.