Nous démarrons l'histoire 3 ans après la chute du météore. Des mesures de secours sont prises très vite, à Midgar, le groupe de sauveurs de la planète ainsi que le soit-disant “héros de la guerre de Jénova”, Reeve Tuesti (Cait Sith), aident les secouristes à sauver les habitants. Yuffie téléphone à Vincent, lui demande si son travail est terminé et il approuve. Mais, celui-ci, plongé dans le doute, demande à Yuffie de vérifier l'état du canon. Celle-ci, avec la pensée que cette vérification ne servira à rien, exécute les ordres. Et, avec stupeur, elle découvre qu'un être vivant, plus précisement un humain, est encore à l'interieur du canon!

Vincent prend alors l'initiative d'aller vérifier qui est dans l'engin destructeur. Une fois arrivé en haut du canon, il découvre quelqu'un, affalé sur le clavier dirigeant le canon et celui-ci avait l'air en mauvais état. Vincent n'eût pas longtemps à deviner que c'etait Hojo, directeur du departement biochimique de la Shinra Incorporation. Celui-ci s'apprêta à le tuer avec son Cerbère (arme fétiche appartenant à Vincent : revolver à trois canons) quand un bruit énorme vint troubler les bruits de l'orage nocturne. Et c'est alors que, en même temps qu'un tuyau qui transportait le mako dans le temps se décela, Yuffie sur une moto volante vint sauver Vincent qui plongea avec elle sur l'engin.

Ensuite, il y a l'apparition de Kalm, trois ans plus tard, après la chute du météore. Cette boule de feu immense avait ravagé des dizaines de villes. Midgar ne pût être reconstruite, mais Kalm si. Vincent avait reçu une invitation sur son portable depuis la grotte où Lucrecia avait été emprisonnée des glaces de cristal. Le message que reçut Vincent était envoyé par Reeve Tuesti : “Rejoins-moi à Kalm, les festivités pour la restauration de la ville vont commencer ! Je t'y ai invité.”

Une fois à Kalm, l'invité de Reeve prit une chambre d'hôtel et s'y enferma pour la soirée. La fête commença… Mais ne dura pas longtemps. En effet, un enorme projectile emflammé vint s'écraser contre le toit d'une maison depuis le ciel. Celle-ci subit de graves dégâts. Puis, des hélicoptères vinrent survoler la ville et làchèrent des soldats depuis leurs ailes et ceux-ci ravagèrent la ville, tuant tout sur leur passage… Et Vincent entra en scène, en essayant de detruire les hélicoptères. Celui-ci attaqua un engin de la sorte et tomba sur le balcon d'un toit. De cette hauteur il avait pleine vue sur les choses horribles qui se passaient à Kalm…